裸鲤和普通鲤鱼有以下区别：
科属不同：裸鲤属鲤科，裂腹鱼亚科，裸鲤属；普通鲤鱼属鲤科，鲤亚科，鲤属。
外形特征不同：裸鲤体型较长，约 60 厘米，身体圆润；除胸鳍上方和腹鳍至臀鳍两侧有大鳞外，其余全身无鳞片。普通鲤鱼体型较短，约 35 厘米，身体较扁；除头部外，全身布满鳞片，且鳞片较大，上腭两侧各有二须。
分布区域不同：裸鲤仅分布于中国青海湖及其湖周支流，为高原低温盐碱性水域鱼类，喜栖息于滩边、大石堆间流水缓慢处。普通鲤鱼是在亚洲原产的温带性淡水鱼，分布在除澳洲和南美洲外的全世界，喜生活于平原上的暖和湖泊、水流缓慢的河川里。