赤眼鳟是保护鱼类。
从国际上看，2020 年它被列入《世界自然保护联盟（IUCN）濒危物种红色名录》ver3.1，评定为无危（LC） 。尽管全球种群数量未达脆弱濒危临界值，但在部分区域，像珠江水系，其捕捞和开发程度远超可持续发展水平，种群资源面临严重威胁。
在国内，2007 年 12 月 12 日赤眼鳟被列入《中国国家重点保护经济水生动植物资源名录》（第一批） 。它是优质经济鱼类，肉质鲜美、营养丰富，有较高的食用价值，还能净化水源，在生态系统中有重要作用。
此外，在一些地方的水产种质资源保护区，赤眼鳟也被重点保护。例如湖南松虎洪道安乡段瓦氏黄颡鱼赤眼鳟省级水产种质资源保护区，就将其作为主要保护对象之一。
赤眼鳟种群数量减少，主要是因为过度捕捞、水域污染、水利工程建设破坏了其生存环境。为保护赤眼鳟，各地采取增殖放流措施，如 2024 年 10 月 30 日，鄂北工程汉江中下游增殖放流活动投放赤眼鳟等各类保护和经济性鱼类共 33 万尾，助力恢复和改善鱼类资源和生态环境。
